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conservation souches


Souches microbiennes Conservation Acarien


Droit

Il n'est pas très évident de savoir quelles souches il est possible de conserver au laboratoire d'un établissement scolaire. Les souches naturelles provenant de l'environnement ou de malades (voir Où trouver des souches microbiennes) ne devraient peut-être pas être conservées. Cette opinion ne parait pas très sérieuse au vu du peu de danger, d'un risque très limité dans le cadre d'une manipulation normale et de l'intérêt particulier de certaines souches. Pensons aux Klebsiella à BLSE indispensables en BTS AB : en les conservant dans le souchier on évite leur recherche à l'hôpital et donc un transport dangereux ! Ne déplaçons donc pas le risque. Et n'oublions pas les champignons allègrement trouvés dans notre environnement, et qu'il n'est pas facile d'acheter ! (à qui ?)


Conservation

Les souches évoquées dans "Où trouver des souches microbiennes" et conditionnées peuvent servir de solution de stockage. On les conservera donc pour une durée dépassant très certainement celle du lycée ou de l'IUT.


Souche lyophilisée de Corynebactérie

Les autres souches de bactéries et champignons peuvent se diviser en deux catégories : celles qui résistent bien et celles qui meurent rapidement après quelques repiquages.

Souches de conservation simple

Leur conservation se fera sur des géloses inclinées avec un repiquage annuel ou pluriannuel. Dans notre expérience, des souches sur géloses de plus de 20 ans peuvent être récupérées malgré la déshydratation extrême des tubes et cela pour des souches non sporulées (E. coli O111, Providencia rettgeri,...). On ne peut évidemment pas généraliser.

Les souches de champignons ne présentent aucune particularité de ce point de vue. Elles peuvent voisiner les bactéries sans aucun problème (les septiques réfléchiront au passage d'un champignon vers son voisin dans le tube d'à côté).

Parfois, certaines souches se conservent mieux en bouillon : c'est le cas de certains Pseudomonas et apparentés, de Stenotrophomonas... Surprises de rentrée des vacances d'été.

Souches de conservation délicate

Il s'agit de souches particulières :

  • pour Streptococcus pyogenes, agalactiae, C, pneumoniae : Nous les conservons assez bien sur gélose chocolat supplémentée en tubes (en vérifiant l'humidité) et congelées.
  • pour Haemophilus et Neisseria : Seule solution : le congélateur.

Techniques utilisée pour congeler

Une première solution : les souches sont placées dans une solution de glycérol (stérile) à environ 30 % puis le tube est stocké dans le congélateur à -18°C. En effet, l'investissement dans un -80°C pour les souches seulement ne peut se justifier : il est alors aussi simple d'acheter les souches lyophilisées. L'azote liquide pourrait être une alternative que nous n'avons pas explorée. À -18°C, les échecs sont nombreux toutefois : mais comment être sûr qu'une décongélation n'a pas été réalisée au mois d'août ?

La récupération des souches est obtenue par étalement de gouttes du tube sur une gélose idoine. En général aucun problème ne se pose.

Deuxième solution : nous congelons directement les souches sur gélose chocolat supplémentée… Beaucoup plus simple et très efficace en général, même si les échecs sont possibles (vu les souches congelées…).

Technique utilisée pour Stocker les géloses

Nos préparatrices, Maï et Nathalie, ont eu la bonne idée de trouver une armoire adéquate pour stocker, du type de celles des pharmacies.
Le tiroir ouvert montre les tubes réserves : deux géloses inclinées pour les souches de conservation facile. Les tubes visibles sont les Gram +, les Gram - sont en arrière avec un carton rose ! Normalement un seul manipulateur.Un tiroir contient les souches courantes en bouillon pour la préparatrice qui fait les ensemencements.Un tiroir contient les champignons avec de l'antimite pour éviter les acariens. Les géloses sont des géloses sabouraud, parfois des géloses "ordinaires" qui conviennent la plupart du temps.


Une histoire d'ACARIENS

Un premier avril, en TP de BTS AB2, on m'appelle pour des choses bizarres dans un état frais de Microsporum canis... Forme bizarre resemblant à un oeuf de nématode. Puis quelques instants plus tard, la découverte d'un petit animal poilu et qui bouge... Les acariens ont débarqué et le printemps leur est favorable !

Pas grave à priori : les tubes sont autoclavés. Mais quelque temps plus tard, de nombreuses contaminations bizarres, avec des Pseudomonas (faciles à voir) ou d'autres bactéries. Manifestement, les acariens se répandent dans tous les tubes et voilà que nous nous grattons après l'observation, à la loupe, de nombreuses petites bêtes dans les tubes.
Stupeur à la réflexion : les acariens quittent les tubes ! et voyagent de tubes et tubes ! Et s'il y a des Salmonella ?

Panique !

Pour ne pas perdre toutes les souches, le souchier est entièrement examiné, les tubes contaminés autoclavés, puis repiqué et contrôlé. Les acariens n'aiment pas 37°C, mais les champignons non plus (du moins certains d’entre-deux).
Une visite de laboratoire à Cochin en mycologie nous amène à ajouter l'antimite permettant de tuer les acariens encore présents.
Enfin, une réflexion sur la source : d'où viennent les envahisseurs ? Il se trouve qu'une stagiaire Capet a rapporté, de son stage, pour faire plaisir à son "honorable" tuteur, une centaine de tubes de dermatophytes ! Les acariens provenaient donc de malades niçois.

 Depuis cet épisode, nous trouvons parfois des acariens dont l'origine n'est pas évidente : résurgence ou nouveaux arrivants ? Quelques conseils :

  • dès l'apparition AGIR en éliminant les tubes suspects,
  • mettre l'antimite en préventif dans le souchier des champignons,
  • faire subir une quarantaine aux nouveaux champignons entrant dans le souchier.

Acarien = arthropode à 8 pattes (6 chez les insectes) parfois parasites (Sarcopsistis de la gale)

Malheureusement, l'histoire se répète, peut être à partir d'une souche conservée à partir d'un saucisson, et les acariens ont de nouveau envahit le souchier (champignons seulement). L'éradication était en cours en février 2009

jean noël joffin revu le Jeudi, 22 mars 2016