Orientation de l'identification bactérienne

EN TRAVAUX   les liens non fonctionnels ont été rétablis le 2 mai 2021

(cette approche est destinée aux enseignements des techniciens de laboratoires… et peut difficilement prétendre être exhaustive !)

ATTENTION : il arrive très fréquemment que la recherche soit orientée par des milieux spéciaux (recherche des Mycobactéries, des Legionella, des Salmonella…)

Face à l’identification d'une bactérie isolée sur une gélose (ou plusieurs), la première opération est de réaliser la macroscopie et de s'interroger sur la nature de la gélose et de l'atmosphère d'incubation.

1. La bactérie ne cultive qu'en anaérobiose : attention, cette orientation n'est possible que si l'absence de culture est mise en évidence !

orientation Anaérobies strictes

2. La bactérie ne cultive qu'en microaérophilie : attention cette orientation n'est possible qu'en absence de culture en anaérobiose et en aérobiose…

orientation Bactéries Gram - microaérophiles

Dans le cas contraire : la bactérie est aérobie ou aéroanaérobie

3. La bactérie cultive en aérobiose

La nature de la gélose est prise en compte :

• la bactérie cultive sur gélose ordinaire et éventuellement sur d'autres géloses (y compris des eux sélectifs comme Drigalski, Chapman,… : bactérie de culture facile
• la bactérie ne cultive pas sur gélose ordinaire mais seulement sur des milieux riches (gélose au sang frais ou la gélose Chocolat enrichie (gélose Chocolat + supplément NAD - Glucose)) : bactérie de culture difficile
• la bactérie cultive sur milieux riches mais on ne dispose pas de renseignement sur sa culture sur gélose ordinaire
• des milieux spéciaux sont utilisés : la procédure sera adaptée en fonction du milieu (ex : culture des Mycobactéries sur Lowenstein-Jensen, des Legionella sur gélose spéciales…).

Deux examens microscopiques sont réalisés sur colonie :

• le Gram : il détermine
  • la forme de la bactérie (bacille régulier, bacille de forme irrégulière, coque ou coccobacille… ) et le groupement (diplo, chainettes, …)
  • la couleur (Gram + ou -)
  • la présence de filaments
  • la présence d'endospores (qui peuvent être confirmés par une coloration de Moeller ou Wirtz)
• l'État frais : il détermine
  • la mobilité (lié à une ciliature péritriche ou polaire)
  • le type de mobilité

Dans des cas particuliers, la coloration de Ziehl-Neelsen ou de Kinyoun peut orienter vers les Mycobactéries.

Deux tests enzymatiques peuvent être réalisés

• la catalase (en général uniquement pour les Gram +, les Gram - étant généralement positifs). Elle est très délicate sur gélose au sang frais. Si les colonies sont petites, les résultats peuvent ne pas être fiables.
• l'oxydase (en général uniquement pour les Gram -, les Gram + étant généralement négatifs). Une quantité insuffisante de culture testée peut conduire à un faux négatif.

L'ensemble des renseignements permet une orientation vers des groupes de bactéries.
Une galerie d'identification biochimique est réalisée, en fonction de ces renseignements, pour identifier avec plus de précision le taxon.

BACTÉRIE DE CULTURE FACILE

BACTÉRIE GRAM -	BACTÉRIE GRAM +
Oxydase + coque : orientation Coques et coccobacilles Gram - aérobies strictes de culture difficile (Neisseriaceae ou Moraxellaceae) bacille ou coccobacille : bactérie dite NE (non entérobactérie)            orientation bactéries gram - aérobie stricte  (Pseudomonas et apparentés, Aeromonadaceae ou Vibrionaceae)	Catalase + coque :  orientation coques gram positif catalase positive (Staphylococcaceae ou Micrococcaceae) bacille : orientation bacille gram + aérobie sporulé :          orientation Bacillaceaeet apparentés acidoalcoolorésistant (BAAR) culture souvent très difficile          orientation Mycobactéries formes pseudomycélienne          orientation vers Actinomycétales NON RÉALISÉ formes irrégulières (massues, haltères)          orientation Corynebactéries formes régulières          orientation Listeria
Oxydase - coque : orientation vers Acinetobacter (diplocoques). La détermination de la forme est souvent très délicate…) bacille ou coccobacille ciliature polaire :        orientation Bactéries Gram - Non Enterobactéries voir : Pseudomonas et apparentés, Stenotrophomonas, Aeromonadaceae ou Vibrionaceae oxydase -) ciliature péritriche ou immobile :        orientation Enterobactéries (Enterobacteriaceae)	Catalase - coque orientation Coques Gram positive catalase négative aérobies (Streptococcaceae, Enterococcaceae,…) bacille formes régulières (normalement de culture difficile) : orientation Lactobacillus

BACTÉRIE DE CULTURE DIFFICILE

La bactérie est isolée sur un milieu riche (gélose Chocolat enrichie, gélose au sang frais…) mais ne cultive pas ou très mal sur gélose dite ordinaire.

Si la bactérie est isolée sur milieu riche sans que l'on puisse savoir son comportement sur gélose ordinaire, l'orientation peut être faite tant avec le tableau Culture facile que difficile. On s'aidera du contexte et du but de l'opération.

BACTÉRIE GRAM -	BACTÉRIE GRAM +
Oxydase + coque : orientation vers orientation Coques et coccobacilles Gram - aérobies strictes de culture difficile (Neisseriaceae ou Moraxellaceae…) bacille ou coccobacille :            orientation vers orientation Pasteurellaceae	Catalase +     La plupart de ces bactéries sont de culture facile.
Oxydase - bacille ou coccobacille ciliature absente :        orientation vers orientation Pasteurellaceae	Catalase - coque orientation vers orientation Coques Gram positive catalase négative aérobies (Streptococcaceae, Enterococcaceae,…) bacille formes régulières : orientation Lactobacillus Acido-alcoolo-résistant : orientation vers  orientation Mycobactéries

 

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Remarques :

Le concept de culture facile/difficile est particulièrement flou. Dans chaque groupe microbien peuvent coexister des bactéries de culture facile et d'autres de culture difficile. C'est par exemple le cas des Mycobactéries…

Dans certains cas, comme pour les coques Gram +, les colonies sont petites, sinon très petites : on devrait les considérer de culture difficile. De plus, les tests enzymatiques d'orientation avec les enzymes liées à la vie aérobie sont quasiment impossibles à réaliser de façon fiable.

Pour nombre de bactéries, l'isolement n'est possible que sur un milieu spécifique : l'orientation ne sera possible qu'avec la connaissance de ce milieu. C'est le cas pour les mycobactéries tuberculeuses, pour les Legionella… Leur recherche est donc orientée.

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