Éditorial : Familles bactériennes
On entend souvent dire, lors des examens, qu'il n'y a plus de famille, sauf les Enterobacteriaceae parmi les bactéries…
Ce n'est pas l'opinion de Bergey's et de nombreux bactériologistes.
En effet, nous nous heurtons, de part notre approche phénotypique limitée, à la difficulté majeure de définir les familles, classes, et autres subdivisions car le genre n'est pas non plus très bien cerné. Nous nous heurtons aussi à la volonté de cadrer des notions qui ne peuvent pas l'être et sommes très heureux de pouvoir dire qu'une Entérobactérie est un bacille Gram négatif, de type fermentatif, aéroanaérobie, oxydase -, réduisant les nitrates en nitrites, cultivant sur gélose ordinaire…
Pourtant, chacun sait que cette définition ne peut qu'être fausse, d'une part par les nombreuses exceptions (Plesiomonas oxydase +, Klebsiella réduisant les nitrates en diazote, Yersinia et Shigella ne réduisant pas les nitrates…), d'autre part par une définition fondée uniquement sur des caractères phénotypiques.
Il ne faut pas oublier que les classifications actuelles sont génotypiques et philogénétiques… L'espèce est assez clairement définie (homologie DNA-DNA…) mais les groupes supérieurs se heurtent à l'absence d'une telle approche « rigoureuse ». Il n'empêche que l'étude des DNA des RNA ribosomiaux 16S, de certaines protéines permet de subdiviser le monde bactérien, et que les groupes issus de ces études sont publiés et permettent une approche intéressante de ce monde.
On consultera dans Microbiologie>Souches bactériennes>Orientation le tableau que j'ai extrait du Bergeys manual, et qui rassemble toutes les bactéries intéressant principalement la bactériologie médicale. Il me semble que ce document est particulièrement utile pour que chaque étudiant puisse situer les bactéries utilisées.
Il est évident très gênant de s'apercevoir que les Pseudomonas et les Entérobactéries sont très proches et très proches des Staphylococcus, que les Mycoplasmes sont Gram + ou du moins issus de Gram + etc…
Bonne lecture et n'oubliez pas que la critique s'impose et que des contributions (qui seront identifiées évidemment) seront les bienvenues. Une synthèse sera faire pour faciliter la lecture.
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