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Systématique et taxonomie de bactéries pathogènes

Cet article permet l'accès aux articles de systématique bactérienne au format pdf.
Le niveau visé est celui de BTS/DUT pas de médecin. Il manque toutefois une patte de médecin pour apporter l'expérience médicale.

Les informations sur les techniques sont sommaires. On trouvera tous les détails notamment dans l'ouvrage "Microbiologie technique : dictionnaire des techniques" édité par le CRDP d'Aquitaine (édition 2014). Il en est de même pour l'antibiothérapie (choix des antibiotiques notamment).

Acinetobacter  
Actinomycetales Corynebactéries Diphtérie
Actinomycetales_Mycobacteries Tuberculose, lèpre, ulcère de Buruli
Actinomycétales diverses Nocardia, streptomyces, bifidobacterium
Anaérobies strictes tétanos, botulisme, myonécroses, angine de Vincent…
Bacilles gram négatif aéroanaerobies culture facile Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Aeromonadaceae
Bacilles gram négatif aérobies strictes culture facile Pseudomonas, Bulkolderia
Bacillus et apparentés Charbon, bacillus cereus…
Bordetella Coqueluche
Brucella Brucellose
Campylobacter Campylobactérioses
Chlamydiales IST
Erysipelothrix Rouget du porc
Francisella Tularémie
Helicobacter Ulcère de l'estomac
Haemophilus Méningites…
Lactobacillus  
Legionella Legionelloses
Listeria Listerioses
Micrococcaceae  
Mycoplasma IST,…
Neisseria - Moraxella Gonocoque IST, Méningocoque
Pasteurella Choléra des poules
Rickettsia Typhus
Spirochètes Syphilis, Maladie de Lyme, Leptospirose
Staphylococcaceae  
Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus…  

 À partir de la classification de Bergey :

Domain : ARCHAE : Il s'agit des Archées, considérée   comme un troisième superrègne (empire) aux côtés des Eucaryotes et des Procaryotes Bactéries ou Eubactéries. On peut aussi les voir comme une subdivision principale des Procaryotes ce qui semble le choix de Bergeys (Procaryote = Archae + Eubacteria).
Domain : EUBACTERIA   Bactéries "traditionnelles". Division en Phylums =Divisions) au nombre de 23.
phylum X : Cyanobacteria      
phylum XII : Proteobacteria Class I : Alphaproteobacteria Ordre II : Rickettsiales famille des Rickettsialles (incluant le genre Rickettsia)
famille des Anaplasmataceae (incluant le genre Erlichia parfois élevé en famille)
Ordre IV : Sphingomonas famille des Sphingomonadaceae avec le genre Sphingomonas
Ordre V : Caulobacteriales famille des Caulobaceraceae avec le genre Brevundimonas
Ordre VI : Rhizobiales famille des Brucellaceae avec le genre Brucella)
famille des Rhizobiaceae (genres Rhizobium...)
famille des Bartonellaceae (genres Bardonetella...)
Class II : Bétaproteobacteria Ordre I : Burkholderiales famille des Burkholderiaceae
famille des Ralstoniaceae
famille des Alcaligenaceae (genres Alcaligenes, Achromobacter, Bordetella...)
famille des Comamonadaceae
Ordre IV : Neisseriales (famille des Neisseriaceae avec les genres Neisseria, Eikenella, Kingella...)
Class III : Gammaproteobacteria Ordre III : Xanthomonadales famille des Xanthomonadaceae (avec les genres Stenotrophomonas, Xanthomonas...)
Ordre V : Thiotrichales (famille III : Francisellaceae)
Ordre VI : Legionellales famille des Legionellaceae (avec le genre Legionella)
famille des Coxiellaceae (avec le genre Coxiella)
Ordre IX : Pseudomonadales famille des Pseudomonadaceae (avec les genres Pseudomonas, Morococcus...)
famille des Moraxellaceae (avec les genres Moraxella, Acinetobacter...)
Ordre X : Alteromonadales famille des Alteromonadaceae (avec les genres Alteromonas, Shewanella...)
Ordre XI : Vibrionales famille des Vibrionacae (avec les genres Vibrio, Listonella, Photobacterium...)
Ordre XII : Aeromonadales famille des Aeromonadaceae (avec les genres Aeromonas,...)
Ordre XIII : Enterobacteriales famille des Enterobacteriaceae (avec les genres classiques mais aussi Plesiomonas...)
Ordre XIII : Pasteurellales famille des Pasteurellaceae (avec les genres Pasteurella, Haemophilus, Actinobacillus...)
Class IV : Deltaproteobacteria    
Class V : Epsilonproteobacteria Ordre I : Campylobacterales famille des Campylobacteraceae (Campylobacter)
famille des Helicobacteraceae (Helicobacter)
phylum XIII : Firmicutes Class I : Clostridia Ordre I : Clostridiales famille des Clostridiaceae
famille des Peptostreptococcaceae
famille des Eubacteriaceae
famille des Peptococcaceae
famille des Acidominococcaceae
Class II : Mollicutes Ordre I : Mycoplasmatales famille des Mycoplasmataceae
Ordre V : Incerta sedi famille des Erysipelotrichaceae (genre Erysipelothrix)
Class III : Bacilli Ordre I : Bacillales famille I des Bacillacae (genres Bacillus, Amphibacillus, Virgibacillus...)
famille II des Planococcaceae
famille IV des Listeriaceae (genre Listeria et Brochothrix)
famille V des Staphylococcaceae (genres Staphylococcus, Gemella...)
famille VII des Paenibacillaceae
Ordre II : Lactobacillales famille I des Lactobacillaceae (genres Lactobacillus, Pediococcus...)
famille II des Aerococcaceae
famille IV des Enterococcaceae (genres Enterococcus...)
famille V des Leuconostocaceae
famille VI des Streptococcaceae (genres Streptococcus, Lactococcus)
phylum XIV : Actinobacteria Class III : Actinobacteria    
sous-classe V Actinobacteridae Ordre I : Actinomycétales  
sous-ordre VI Micrococcineae famille I des Micrococcaceae (genre Micrococcus, Arthrobacter, Rothia, Stomatococcus...)
famille V des Brevibacteriaceae (genre Brevibacterium...)
famille IX des Dermatococcaceae (genre Dermacoccus, Kytococcus...)
famille XI des Jonesiaceae (genre Jonesia...)
sous-ordre VI
Corynebacterineae
famille I des Corynebacteriaceae (genre Corynebacterium)
famille IV des Mycobacteriaceae (genre Mycobacterium)
famille V des Nocardiaceae (genres Nocardia, Rhodococcus)
sous-ordre XI
Streptomycineae
famille puis genre Streptomyces etc
Ordre II : Bifidobacteriales famille I des Bifidobacteriaceae (genres Bifidobacterium, Gardnerella)
phylum XVI : Chlamydiae      
phylum XVII : Spirochaetes Class I : Spirochaetes Ordre I : Spirochaetales famille I des Spirochaetaceae (genre Spirochaeta, Borrelia, Treponema)
famille II des Serpulinaceae
famille III des Leptospiraceae (genre Leptonema et Leptospira)
phylum XX : Bacteroidetes Class I : Bacteroidetes Ordre I : Bacteroidales famille I des Bacteroidaceae (genre Bacteroides...)
famille III des Porphyromonadaceae (genre Porphyromonas)
famille IV des Prevotellaceae (genre Prevotella)
Class II : Flavobacteria Ordre I : Flavobacteriales famille I des Flavobacteriaceae (genres Flavobacterium, Weeksella...)
Class III : Sphingobacteria Ordre I : Sphingobacteriales famille I des Sphingobacteriaceae (genre Sphingobacterium...)
phylum XXI : Fusobacteria Class I : Fusobacteria Ordre I : Fusobacteriales famille I des Fusobacteriaceae (genre Fusobacterium...)

 

Ces articles ont été écrits par Jean-Noël JOFFIN dans le cadre de cours donnés durant quelques années en BTS Analyses de biologie médicale. De nombreux collègues dyonisiens ont ajouté leur marque : Cédric CIVEL, Dominique ÉTIENNE, Claudine SCHUSTER, Isabelle KARCZINKY,… en espérant ne pas en oublier !

De nombreuses sources ont évidemment été consultées. Certaines sont mieux documentées et plus efficaces ! Le contenu de ces  textes est éminemment contestable et peut être amendé si vous me faites parvenir vos critiques ou contributions.

Note : les schémas et photos sont d'origines variées, y compris personnelles, mais avec une contribution particulière de Pascal FRAPERIE. Tous droits réservés.

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