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Mycologie : quelques généralités d'introduction

Cette partie tente de rassembler les informations les plus utiles dans le cadre de la mycologie médicale et alimentaire. Des simplifications, parfois abusives, seront très faciles à mettre en évidence... que vous voudrez bien pardonner ou mieux critiquer. Merci
Quand on évoque les champignons, viennent avant tout à l'esprit les fructifications que les promeneurs vont chercher dans les forêts ou que l'on achète sur les marchés. Champignons de Paris, Cèpes ou amanites phalloïdes voici les champignons classiques. Et chacun connaît les "bons coins" où toujours repoussent les champignons.
Les esprits observateurs auront ajouté les moisissures et les "spécialistes" les levures.
Enfin quelques malades évoqueront les mycoses, maladies relativement rares mais forts désagréables :

les teignes,
les mycoses transmises souvent à la piscine,
les candidoses comme le muguet dont la recrudescence est souvent liée à l'immunodépression dans les greffes ou le SIDA ou les candidoses vaginales .

1.1 comment définir un champignon ?

Le monde des champignons est extrêmement vaste et pas toujours très bien connu car très complexe.
Au niveau cellulaire on peut dire que les champignons sont des êtres vivants possédant :

Des cellules EUCARYOTES.
Des cellules pourvues d'une paroi contenant essentiellement des polymères de glucides (glucanes, fructanes, chitine).
Des cellules sans chloroplastes. Ils sont donc chimiotrophes.
Au niveau des ensembles cellulaires : la formation d'un THALLE, grâce à des filaments plus ou moins ramifiés en forme de tube ou hyphe et l'absence de tissus différenciés. Ce thalle est parfois confiné à une cellule (levures). Il ne constitue pas un tissu différencié. Les algues pluricellulaires sont proches des champignons.

Les champignons se distinguent donc des plantes et des algues par l'absence de chloroplastes et des animaux par la présence de parois cellulaires. Du moins dans une approche pour le moins simpliste.

1.2 quelles pathologies pour les champignons ?

Les champignons interviennent dans la pathologie humaine de deux façons :

des intoxications alimentaires liées à certains champignons toxiques, essentiellement les Amanites. Des Aspergillus sont capables de produire des aflatoxines cancérigènes (flavus mais aussi fumigatus) même si l'on peut difficilement parler d'intoxications alimentaires pour des processus à long terme.
des infections appelées mycoses, mais les champignons ne sont pas très pathogènes : ce sont essentiellement des opportunistes parfois commensaux, sauf les dermatophytes sont plutôt des pathogènes stricts mais les infections sont gênantes sans être graves.
On trouve donc les mycoses chez les immunodéprimés (cancers, greffes, SIDA). La grande fréquence de ces affections et les progrès de la médecine donnent un regain non négligeable à la mycologie médicale.

1.3 quelles applications pour les champignons ?

en fromagerie	Les fromages sont des produits complexes élaborés à partir du caillé du lait, obtenu par l'action de la présure sur la lait frais. Interviennent dans la fabrication de nombreux microorganismes : des bactéries lactiques et d'autres bactéries pour les arômes. des Geotrichum candidum des Penicillium comme : P. camembertii qui utilise l'acide lactique et donc désacidifie et libère des enzymes intervenant dans la fabrication d'arômes. P. roquefortii des fromages bleus qui grâce à des enzymes protéolytiques et lipolytiques modifie considérablement le goût du fromage originel. Il est ajouté au départ et l'aération du fromage par piqûre suffit à assurer son développement.
en charcuterie	Les moisissures interviennent soit comme contaminants soit pour donner l'aspect blanc extérieur du saucisson. Des bactéries lactiques sont aussi utilisées.
dans les préparations culinaires	Les champignons peuvent faire partie des repas (champignons de Paris, cèpes…) ou intervenir dans l'arôme des mets (truffes). Ils interviennent dans des préparations comme la choucroute (levures). En Asie surtout mais parfois aussi en Afrique les champignons sont très utilisés dans les préparations culinaires particulières de ces pays. De très nombreuses sortes de champignons servent : Aspergillus, Mucorales, Levures…
dans la fabrication des additifs	Des molécules sont souvent ajoutées à des aliments pour faciliter la préparation, améliorer la présentation, améliorer les qualités organoleptiques ou faciliter la conservation. Ces additifs peuvent évidemment être chimiques mais sont souvent apportés par des champignons : des acides organiques comme l'acide citrique (Aspergillus niger, P. citrinum) des enzymes utilisées dans la préparation du pain (hydrolyse de l'amidon par amylases d'Aspergillus), la coagulation du lait (pseudoprésures de Mucorales), la clarification des jus de fruits (pectinases d'Aspergillus), l'hydrolyse du lactose (lactase d'Aspergillus), antioxydant comme la glucose oxydase comme additif des mayonnaises et des œufs en poudre (Aspergillus niger), …
dans la fabrication du pain (pates), du vin, de la bière…	La synthèse de l'éthanol biologique est essentiellement le fruit de l'action des levures (Sacharomyces). Les vins de grande qualité subissent l'action successive de plusieurs levures provenant de l'environnement de vinification (grain de raisin, matériel utilisé, cave…) Dans un cas, on utilise des moisissures naturelles : c'est la pourriture noble des Sauternes (Botrytis cinerea). La fermentation éthanolique est utilisée aussi en panification pour la levée de la pâte grace au dioxyde de carbone. L'éthanol s'évapore à la cuisson. Un Aspergillus est utilisé dans la fabrication du saké au même titre que le malt (orge germé) dans la fabrication de la bière, donc pour l'apport d'amylases permettant la transformation de l'amidon en oses (ou en diholosides). Merci Antoine Gaudin.
dans la lutte biologique	Un certain nombre de champignons sont utilisés pour tuer des insectes ou vers nuisibles; Beauveria bassiana peut parasiter les insectes, Arthrobotrys superba les nématodes.
dans la fabrication de médicaments	Le premier antibiotique, la pénicilline, est le fruit d'un champignon Penicillium notatum… (industriellement : Penicillium chrysogenum pour le noyau bétalactamine, Cephalosporum pour les céphalosporines…) Ajoutons la cyclosporine, très important immunosuppresseur, utilisé pour les greffes. De nombreuses protéines issues du génie génétique sont aujourd'hui fabriquées par des levures. C'est le cas du vaccin contre l'hépatite B. L'avantage des levures réside dans leur nature eucaryote pour la synthèse des protéines et la facilité de leur culture par rapport aux cellules animales en culture.