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Les champignons peuvent être étudiés au niveau :

  • industriel : ils interviennent comme agents de fabrication (de fromages, d'éthanol, de molécules d'intérêt comme les antibiotiques…)
  • médical : quelques champignons, parfois commensaux, sont pathogènes.

Le prélèvement médical

Au niveau médical, de nombreux prélèvements peuvent être réalisés où des champignons sont possibles. Ces prélèvements sont :

  • de nature classique (comme pour les bactéries) : sang (hémocultures), urines, prélèvement vaginal…
  • de nature particulière sur la peau et les phanères.

Ces prélèvements particuliers :

LOCALISATION CHAMPIGNONS RESPONSABLES MODE DE PRÉLÈVEMENT
CUTANÉE (peau)

Dermatophytes

Candida et autres levures

Les squames sont prélevés à la curette, au bistouri de préférence sur les bords des lésions. Le carré de moquette stérile est utilisable.
Le ruban adhésif est possible en cas de pytiriasis.

L'écouvillon stérile humidifié est utilisable pour l'intertrigo.

POILS - CHEVEUX Dermatophytes (sauf Epidermophyton)

Les poils malades sont prélevés à la pince avec l'aide éventuelle des UV de la lampe de Wood.

On peut utiliser aussi le carré de moquette stérile.

ONGLES Dermatophytes (sauf Epidermophyton) Les lésions de l'ongle sont prélevées à la curette.

L'examen direct du produit pathologique

Le produit doit toujours être examiné : cet examen permet de mettre en évidence des filaments ou des levures caractéristiques de la mycose éventuelle. Confronté à la culture, il permet de comprendre des résultats négatifs. Cet examen direct peut nécessiter l’utilisation de potasse KOH ou le lactophénol pour dissoudre la kératine.


L'isolement

Il utilise des milieux classiques ou chromogènes comme :

  • la gélose Sabouraud (additionné ou non de Chloramphénicol et/ou Gentamycine), et éventuellement d'actidione (cycloheximide) pour éliminer les moisissures indésirables.
  • une gélose chromogène mettant en évidence la N-Acétylgalactosaminidase de C. albicans (ou d'autres milieux chromogéniques de composition secrète) et contenant des inhibiteurs anitbactériens.

Ces milieux peuvent être conditionnés en boite pour les levures et en tubes pour les autres champignons, tout particulièrement les dermatophytes de culture lente. Les tubes limitent la déshydratation.

La température de culture est fixée avec intelligence :

  • les prélèvements cutanés ou de phanères sont incubés à 30°C, température proche des lieux de prélèvements. Les dermatophytes ne cultivent pas, en général, à 37°C…
  • les prélèvements internes peuvent être incubés à 37°C puisque le champignon s'est développé à cette température. Les Aspergillus en particulier cultivent souvent très bien à 37°C…

La durée de culture est très variable :

  • de 1 à 2 jours pour la plupart des levures,
  • de 2 à 4 jours pour de nombreuses levures,
  • de 3 à 15-30 jours pour la plupart des dermatophytes.


L'identification des champignons filamenteux

Elle est détaillée pour chaque type : moisissures de l'environnement ou dermatophytes.
Pour l'orientation : Champignons orientation
Elle repose sur les critères suivants :

CRITÈRES EXEMPLES
Vitesse de croissance
  • 1 à 3 jours
  • 4 à 6 jours
  • plus de 10 jours
Température de croissance
  • moins de 30°C (fréquent en alimentaire)
  • 30°C
  • 37°C
Sensibilité à l'actidione (cycloheximide) L'actidione est ajoutée aux milieux d'isolement pour inhiber les moisissures contaminantes. Candida albicans et les dermatophytes résistent à ce produit : ce caractère participe à l'identification.
L'examen macroscopique en recto (de face)
  • Aspect de la colonie en surface : type bactérien ou filamenteux, duvet, poudreux, vermiculée…
  • Forme de la colonie : plissée ou cérébriforme, granuleuse, en étoile (astéroïde), avec acumination centrale, en cratère (cratèriforme)…
  • Couleur de la colonie : blanche, rouille, jaune, chamois plus ou moins clair, gris, verdâtre, beige, violet, ocre, rosée… (et la répartition de la couleur qui n'est pas toujours uniforme…)
L'examen macroscopique en verso (de revers)  Noter la capacité du mycélium à pénétrer dans la gélose et la COULEUR du revers.
 L'examen microscopique

 Le prélèvement des filamenteux est la phase délicate car il faut pouvoir trouver les fructifications. On peut utiliser l'examen direct de la culture sur lame, le prélèvement à la spatule, au ruban adhésif…

Chercher alors :

  • la présence de levures seules à ne pas confondre avec les spores,
  • la  présence éventuelles de pseudomycéliums…
  • le cloisonnement ou non du mycélium des moisissures
  • la présence de fructifications (sporanges) plus ou moins caractéristiques
  • la présence de formes diverses du mycélium (raquettes, spires…)
  • la présence de rhizoïdes