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Utilisation des galeries API (et Id)


 CET ARTICLE EST EN COURS D'ÉCRITURE

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Contrairement à l'apparence, toutes les galeries ne sont pas équivalentes :

  • pour la durée d'incubation : de quelques heures à 48 heures…
  • pour la méthode d'inoculation : utilisation d'un milieu spécial pour la galerie ou une partie de la galerie
  • pour la méthodologie depuis l'isolement : ensemencement à partir d'une colonie ou d'une culture en nappe
  • etc…

On ne peut donc se contenter de connaitre API20E et de croire que toutes les galeries sont identiques : IL FAUT LIRE LA NOTICE (EN PARTICULIER LE RÉSUMÉ DESSINÉ) AVANT D'INOCULER LA GALERIE.

LES TUBES

Le plastique est thermoformé avec création :

  • soit de tube (partiellement fermé) relié à une cupule exposée à l'air (API). Ils peuvent être inoculés avec la suspension dans la partie tube (anaérobie) ou complètement. De la vaseline stérile peut être ajoutée dans la cupule. Les dessins ci-dessous, montrent, en coupe, le remplissage :

     seul le tube est rempli
     tube et cupule sont remplis  tube seul rempli, cupule vaselinée
  • soit de simples cupules (Id)

LES MILIEUX UTILISÉS

Différents types de milieux sont utilisés permettant la réalisation de la suspension et la réhydratation des cupules :

  • de l'eau distillée stérile
  • de l'eau physiologique stérile (utile pour des bactéries halophiles)
  • un bouillon peptoné qui apportera donc des peptones dans la galerie inoculée
  • un bouillon peptoné riche et additionné d'un indicateur de pH
  • un milieu pour auxanogramme n'apportant que les facteurs de croissance nécessaires et des ions minéraux.

LA LECTURE

aucune cupule positive

Si aucune cupule n'est positive ce peut être :

  • par l'oubli de l'ajout des microorganismes dans la suspension, un chauffage excessif de cette suspension auprès d'un bec…
  • par l'absence de culture du microorganisme dans les cupules en raison de l'absence de facteurs de croissance indispensables. Des Haemophilus dans une API20E ne peuvent cultiver. Attention : la culture n'est pas toujours indispensable car les enzymes présentes peuvent être suffisantes à l'expression du caractère. Certaines galeries sont lisibles en quelques heures.

Si aucune culture n'est positive dans la partie auxanogramme (API20 NE) alors que l'on a des résultats positifs dans la première partie, ce peut être :

  • par une mauvaise inoculation du milieu pour auxanogramme (ne pas oublier de l'agiter sérieusement et comme il est semi-solide mieux vaut le faire à la pipette pasteur.
  • par le manque d'un (ou plusieurs) facteurs de croissance dans le milieu pour auxanogramme.

cas de LDC, ODC, ADH :

Si la vaseline n'a pas été ajoutée, le résultat est une alcalinisation systématique liée à l'utilisation respiratoire des peptones en aérobiose produisant de l'ammoniac (basique) et du dioxyde de carbone (acide) qui se dégage dans l'atmosphère. L'image ci-dessous illustre le prooblème.

Pour la lecture se pose un autre problème : une couleur rouge (basique) montre un caractère positif pour ADH et ODC mais pas pour LDC qui peut être, en 24 h, orange ou rouge. La documentation API n'est pas claire sur ce point.

Remarque : la cupule CIT de la première galerie est mal ensemencée.

cas du Citrate (de Simmons)

Une alcalinisation AÉROBIE traduit l'utilisation du citrate comme seule source de carbone et la prototrophie (absence du besoin en facteurs de croissance ou synthèse de tous les métabolites essentiels).

Gaz

La présence de gaz peut être lue dans les milieux pour glucides.
Attention : dans la cupule GLU (API20E), les nitrates présents inhibent la production de dihydrogène. La présence de bulles peut alors être liée à une respiration nitrates productrice de diazote.

Dans l'API20NE, le gaz de la cupule NO3 est du diazote signant donc la respiration nitrate.