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Le tableau suivant rassemble un certain nombre de données sur les principaux Aspergillus rencontrés.
La reproduction sexuée n'est présente que que A. nidulans (Emericella) qui apparait comme un Ascomycète. Pour les autres, elle n'est pas encore connue si elle existe.

 

Aspergillus fumigatus

Aspergillus niger

Aspergillus (Emericella) nidulans

Aspergillus flavus

Aspergillus versicolor

Aspergillus terreus

Croissance

Rapide, y compris à 37°C et jusqu’à 50°C

Rapide à 25°C et tout à fait possible à 37°C

Plus lente à 37°C (1 à 2 semaines pour avoir les cléistothèces)

Rapide

Lente

 

Aspect macroscopique recto

Velouté, tapis régulier, cotonneux, vert franc puis grisâtre avec l’âge.

Quelques souches blanches

Mycélium aérien blanc à jaune citron se ponctuant rapidement de têtes noires

Poudreux, plane, velouté, montrant des pointes jaunes (cléistothèces) vert cresson foncé.

Poudreux, irrégulier, vert jaune à bronze-vert olive

Poudreux, plane, jaune à verte

Colonies veloutées cannelle, plis possibles, exsudat ambré.

Aspect macroscopique verso (revers)

Incolore à jaune puis rouge foncé mais en fait très variable

Incolore à jaune pâle

Vert cresson à reflets rouges pourpre à sombre (cléistothèces)

Incolore à jaûnatre puis brun à rouge foncé

Incolore ou variant du jaune au rouge pourpre

Blanc à brun

Tête aspergillaire

En longue colonne

Radiaire

En courte colonne

Radiaire ou en colonne

Radiaire ou irrégulière

En colonne

Conidiophore (qui porte la tête)

Lisse, long, incolore (ou en tons de vert)

300-700 µm

Lisse, incolore, jaune ou brun, paroi épaisse

1500-3000 µm

Lisse, très court, sinueux, brun

60-130µm

Incolore, discrètement piqueté ou très rugueux

1000-2500 µm

Lisse en général, incolore ou brun

500-700 µm

Lisse

500-700 µm

Vésicule

En massue hémisphérique

20 µm

Globuleuse ou elliptique

20-50 à 100 µm

Hémiphérique, brune

8-10 µm

Sphérique ou en dôme

10-40 µm

En tête de serpent (ovoïde à elliptique)

En dôme

Phialides (stérigmates)

1 série, parallèles, fixées sur la partie supérieure de la vésicule

1 série, pour les jeunes têtes puis 2 recouvrant toute la vésicule

2 séries, parallèles, couvrant 1/3 à 2/3 de la vésicule

1 série pour les jeunes têtes puis 2

2 séries formées sur les ¾ de al vésicule

2 séries

Spores (conidies)

Globuleuses, rugueuses à échinulées, vertes

2-3 µm

Globuleuses, lisses pis rugueuses, brun sombre, vertes

2-5 µm

Globuleuses, échinulées, vertes

3-4  µm

Piriformes à presque globuleuses, lisses ou échinulées

globuleuses, échinulées

Elliptiques, en courte chainettes, hyalines, jaune faible, paroi lisse

2-3 µm

Sclérotes

 

Globuleuses, crème puis brunes

 

Rouge-brun à noir

 

 

Reproduction sexuée

 

 

Cléistothèces brun rouge avec des asques entourées de cellules en noisette

 

 

 

Aspect

   

 

 

 


 


quelques exemples de macroscopie

 

Penicillium / A. fumigatus / A. flavus / A. niger / Rhizopus

Macroscopie d'une colonie d'Aspergillus montrant les fructifications


quelques exemples de microscopie

 

Aspergillus nidulans

 

Aspergillus fumigatus

   

Aspergillus niger

Aspergillus flavus

Aspergillus "confitoris" !

 

 

 


Les champignons peuvent être étudiés au niveau :

  • industriel : ils interviennent comme agents de fabrication (de fromages, d'éthanol, de molécules d'intérêt comme les antibiotiques…)
  • médical : quelques champignons, parfois commensaux, sont pathogènes.

Le prélèvement médical

Au niveau médical, de nombreux prélèvements peuvent être réalisés où des champignons sont possibles. Ces prélèvements sont :

  • de nature classique (comme pour les bactéries) : sang (hémocultures), urines, prélèvement vaginal…
  • de nature particulière sur la peau et les phanères.

Ces prélèvements particuliers :

LOCALISATION CHAMPIGNONS RESPONSABLES MODE DE PRÉLÈVEMENT
CUTANÉE (peau)

Dermatophytes

Candida et autres levures

Les squames sont prélevés à la curette, au bistouri de préférence sur les bords des lésions. Le carré de moquette stérile est utilisable.
Le ruban adhésif est possible en cas de pytiriasis.

L'écouvillon stérile humidifié est utilisable pour l'intertrigo.

POILS - CHEVEUX Dermatophytes (sauf Epidermophyton)

Les poils malades sont prélevés à la pince avec l'aide éventuelle des UV de la lampe de Wood.

On peut utiliser aussi le carré de moquette stérile.

ONGLES Dermatophytes (sauf Epidermophyton) Les lésions de l'ongle sont prélevées à la curette.

L'examen direct du produit pathologique

Le produit doit toujours être examiné : cet examen permet de mettre en évidence des filaments ou des levures caractéristiques de la mycose éventuelle. Confronté à la culture, il permet de comprendre des résultats négatifs. Cet examen direct peut nécessiter l’utilisation de potasse KOH ou le lactophénol pour dissoudre la kératine.


L'isolement

Il utilise des milieux classiques ou chromogènes comme :

  • la gélose Sabouraud (additionné ou non de Chloramphénicol et/ou Gentamycine), et éventuellement d'actidione (cycloheximide) pour éliminer les moisissures indésirables.
  • une gélose chromogène mettant en évidence la N-Acétylgalactosaminidase de C. albicans (ou d'autres milieux chromogéniques de composition secrète) et contenant des inhibiteurs anitbactériens.

Ces milieux peuvent être conditionnés en boite pour les levures et en tubes pour les autres champignons, tout particulièrement les dermatophytes de culture lente. Les tubes limitent la déshydratation.

La température de culture est fixée avec intelligence :

  • les prélèvements cutanés ou de phanères sont incubés à 30°C, température proche des lieux de prélèvements. Les dermatophytes ne cultivent pas, en général, à 37°C…
  • les prélèvements internes peuvent être incubés à 37°C puisque le champignon s'est développé à cette température. Les Aspergillus en particulier cultivent souvent très bien à 37°C…

La durée de culture est très variable :

  • de 1 à 2 jours pour la plupart des levures,
  • de 2 à 4 jours pour de nombreuses levures,
  • de 3 à 15-30 jours pour la plupart des dermatophytes.


L'identification des champignons filamenteux

Elle est détaillée pour chaque type : moisissures de l'environnement ou dermatophytes.
Pour l'orientation : Champignons orientation
Elle repose sur les critères suivants :

CRITÈRES EXEMPLES
Vitesse de croissance
  • 1 à 3 jours
  • 4 à 6 jours
  • plus de 10 jours
Température de croissance
  • moins de 30°C (fréquent en alimentaire)
  • 30°C
  • 37°C
Sensibilité à l'actidione (cycloheximide) L'actidione est ajoutée aux milieux d'isolement pour inhiber les moisissures contaminantes. Candida albicans et les dermatophytes résistent à ce produit : ce caractère participe à l'identification.
L'examen macroscopique en recto (de face)
  • Aspect de la colonie en surface : type bactérien ou filamenteux, duvet, poudreux, vermiculée…
  • Forme de la colonie : plissée ou cérébriforme, granuleuse, en étoile (astéroïde), avec acumination centrale, en cratère (cratèriforme)…
  • Couleur de la colonie : blanche, rouille, jaune, chamois plus ou moins clair, gris, verdâtre, beige, violet, ocre, rosée… (et la répartition de la couleur qui n'est pas toujours uniforme…)
L'examen macroscopique en verso (de revers)  Noter la capacité du mycélium à pénétrer dans la gélose et la COULEUR du revers.
 L'examen microscopique

 Le prélèvement des filamenteux est la phase délicate car il faut pouvoir trouver les fructifications. On peut utiliser l'examen direct de la culture sur lame, le prélèvement à la spatule, au ruban adhésif…

Chercher alors :

  • la présence de levures seules à ne pas confondre avec les spores,
  • la  présence éventuelles de pseudomycéliums…
  • le cloisonnement ou non du mycélium des moisissures
  • la présence de fructifications (sporanges) plus ou moins caractéristiques
  • la présence de formes diverses du mycélium (raquettes, spires…)
  • la présence de rhizoïdes

 

 

 

 

Les DERMATOPHYTES sont des "moisissures" pathogènes qui s'attaquent aux phanères (poils, cheveux, ongles) et à la peau. Les identifier suppose donc l'examen du produit pathologique et l'examen des cultures ensemencées à partir du produit pathologique. Nous nous intéresserons ici essentiellement à l'identification à partir des cultures.

1. Quels sont les critères pour réaliser l'identification ?

  • vitesse de croissance
  • nature du prélèvement
  • origine du patient
  • macroscopie
  • microscopie :
    On observera en particulier
    • le mycélium


    • la présence de chlamydospores intercalaires ou terminales


    • la présence de microconidies, leur forme (sphériques ou piriformes) et leur disposition


    • la présence de macroconidies et leurs caractéristiques plus ou moins spécifiques :



    • la présence de formations ornementales

2. Des tableaux pour identifier

Un premier tableau permet une orientation face à des DERMATOPHYTES.
Vous devez vérifier dans le TABLEAU GÉNÉRAL ou l'utiliser pour identifier directement.

2.1. Orientation

Ne faire qu'une confiance relative à l'orientation. Vérifier en particulier la compatibilité avec le produit pathologique concerné : on ne peut conclure Epidermophyton pour une teigne !

2.2. Vérification de l'identification

TABLEAU GÉNÉRAL ou l'utiliser pour identifier directement

Dans le tableau lié : vérifier l'ensemble des critères.
En cas d'échec : rechercher le taxon le plus proche de l'observation.


Les champignons sont une catégorie d'êtres vivants extrêmement diversifiée. Ceux qui nous intéressent ici, en particulier pour la pathologie, sont des champignons "dits" microscopiques (micromycètes), c'est-à-dire que l'on observe avant tout au microscope bien que les individus puissent être visibles à l'œil nu.

Ne seront donc vus que :

  • les levures, en particulier Candida albicans cause du muguet digestif, des mycoses vaginales et d'infections cutanées mais aussi commensal, Cryptococcus neoformans, cause de méningites chez les sidéens
  • les moisissures, champignons filamenteux avec :
    • les dermatophytes, champignons kératinophiles attaquant les phanères (poils, ongles, cheveux) et la peau, que l'on qualifie rarement de moisissures pour éviter de parler de personnes moisies !
    • les moisissures classiques de l'environnement, rarement pathogènes et plutôt chez des immunodéprimés sévères (greffés, cancéreux, sidéens…)

Pour aller plus loin : cliquer sur les noms.

Si vous observez un champignon unicellulaire ou pseudomycélien : levure.
Si vous observez un champignon avec son mycélium : moisissure ou dermatophyte (pour un prélèvement pathologique de surface). Vous devez alors déterminer s'il possède des cloisons ou non.

Pour s'orienter : (cliquer sur les parties violettes EN TRAVAUX DONC NON FONCTIONNEL AUJOURD'HUI !)

ASPECT GÉNÉRAL DU CHAMPIGNON AU MICROSCOPE

UNICELLULAIRE

MYCÉLIUM NON CLOISONNÉ

MYCÉLIUM CLOISONNÉ

ORIENTATION LEVURE

RECHERCHER LES FRUCTIFICATIONS

Les spores sont normalement internes (emballées) et des rhizoïdes peuvent être observés.

RECHERCHER LES FRUCTIFICATIONS

Les spores sont normalement externes

Conidiophores de type :

 

ORIENTATION : ZYGOMYCÈTES (CHAMPIGNONS INFÉRIEURS)

ASPERGILLUS

   

PENICILLIUM

   

AUTRES TYPES

   
 

ORIGINE : PRODUIT PATHOLOGIQUE (CHEVEUX, POILS, ONGLE, PEAU)

ORIGINE : RESPIRATOIRE OU ENVIRONNEMENT

 
 

ORIENTATION DERMATOPHYTES

ORIENTATION MOISISSURES ENVIRONNEMENTALES DE CHAMPIGNON SUPÉRIEUR

 


Les levures sont des champignons (donc eucaryotes) unicellulaires en général mais formant souvent des pseudomycéliums…

Pseudomycéliums (cliche de Pascal FRAPERIE)

Elles sont utilisées en alimentaire pour fabriquer l'éthanol (vin, bière, alcools forts comme le rhum, biocarburant…) ou/et le dioxyde de carbone du pain (levée de pâte) avec Saccharomyces cerevisiae notamment.


Prélèvement

Les prélèvements médicaux sont classiques et traités classiquement comme pour les bactéries sauf le test à la cellophane adhésive sur la peau pour le Pytiriasis dû à Malassezia furfur (Pitysporum orbiculare).


Isolement

Il peut être réalisé sur

  • gélose Sabouraud (additionné ou non de Chloamphénicol et/ou Gentamycine),
  • gélose chromogène mettant en évidence la N-Acétylgalactosaminidase de C. albicans (ou d'autres milieux chromogéniques de composition secrète) et contenant des inhibiteurs anitbactériens.

 

exemple de milieu chromogène CAN2 (Biomérieux) avec des colonies bleues de C. albicans, roses de C. tropicalis (à vérifier) et blanches d'autres levures.


Identification

L'identification repose sur :

En microbiologie médicale :

Si le produit pathologique est le LCR : faire l’uréase rapide et l’état frais à l’encre de Chine (recherche de Cryptococcus (Filobasidiella) neoformans, levure classique chez les sidéens)

sinon
Faire le test de blastèse et éventuellement ensemencer pour la recherche des Chlamydospores (pour Candida albicans), ou pour une identification précise, une galerie miniaturisée.

tube germinatif (en haut) et non germinatif (en bas)
(cliché de Pascal FRAPERIE)

Chlamydospores sur RAT

 

En général

L'ensemencement d'une galerie miniaturisée comme :

API Candida (Biomérieux)  
 Id 32 C (Biomérieux)  
 API20 Aux (Biomérieux)  
 Auxacolor (Biorad)  
Fongiscreen 4 (Biorad)  
Fungitest (Fumouze)  
 Fungiview (Fumouze)  

 

L'aspect macroscopique, confronté aux résultats des tests biochimiques et à l'origine du prélèvement (médical ou industriel) permet de conclure.

Galerie possible

  • gélose de réisolement (Sabouraud)
  • milieu RAT ou PCB pour la recherche des chlamydospores,
  • sérum ou milieu spécial pour le test de filamentation (jour 1)
  • urée tryptophane (indole) en cas de soupçon de Cryptococcus
  • galerie miniaturisée.

Test de coagglutination

Les laboratoires Fumouze commercialisent des tests de coagglutination pour l'identification des levures pathogènes (Bichro-Latex Albicans, Bichro-Dubli, Krusei-Color) ainsi qu'un test de mise en évidence de la tréhalase (Glabrata RTT).

Le test Bichro--Latex Albicans permet, pour d'identifier C. albicans ou C. dubliniensis, levure très proche mais fréquente particulièrement chez les sidéens. Ce test sera utilisé si l'on part d'un isolement sur Sabouraud.

Le test Bichro-Dubli permet, pour une souche identifiée C. albicans, l'identification de C. dubliniensis, levure très proche mais fréquente particulièrement chez les sidéens. Ce test sera utilisé en partant des colonies caractéristiques observées sur le milieu chromogène.

Antibiogramme (antifongigramme)

Il peut être réalisé en boite avec des disques ou à l'aide de galeries miniaturisées. Dans certaines d'entre-elles, antifongigramme et identification sont rassemblées.

 Fungigram (Fumouze)