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DOCUMENTATION TECHNIQUE DE MICROBIOLOGIE


Avec Guy LEYRAL, nous avons publié, au CRDP d'Aquitaine, une documentation technique de Microbiologie.

L'idée était de fournir à chaque étudiant les documents utiles à la réalisation pratique des manipulations dans le cadre des différents BTS de biologie, et en particulier le BTS ABM. L'édition actuelle est obsolète (téléchargement possible en cliquant sur ce lien). Les importantes évolutions de l'informatique rendent nécessaire une nouvelle approche, celle du "livre" numérique.

Voici donc une première tentative de documentation sous forme informatique. Elle est expérimentale et destinée à tester les différentes possibilités.
Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.">Vos critiques et observations seront les bienvenues ! Merci d'avance.

Pour commencer, choisir, dans le menu, le type de bactérie rencontrée au Gram, puis soit l'introduction, soit directement vers une catégorie particulière.
On pourra utiliser des liens dans le tableau ci-dessous. On comprendra que la structure actuelle est expérimentale. Des menus spécifiques sont prévus pour un accès direct au chapitre voulu. 

Vous pouvez compléter l'information sur les taxons dans le menu "Microbiologie" puis "Systématique bactérienne"… ou dans "Mycologie".

Légende des tableaux : nombre = % de positivité / + = plus de 80% de caractère + , - = moins de 80% de caractère -, V = variable (caractère + ou - selon le taxon), éventuellement : absence de données


INTRODUCTION  
Vue d'ensemble des bactéries

Première partie:
GRAM + cultivant en aérobiose

orientation Gram + cultivant en aérobiose


Deuxième partie :

GRAM - cultivant en aérobiose
1. Principaux groupes
  • globalement 
2. Enterobactéries (Enterobacteriaceae) (Bacilles gram - peu exigeants, oxydase négative (Enterobacteriaceae, rarement Vibrionaceae, Aeromonadaceae))
3. Bactéries Gram - Non Enterobactéries (Bacilles/coques gram - peu exigeants oxydase + (Pseudomonas et apparentés, Vibrionaceae, Aeromonadaceae))
4. Bacilles gram - exigeants, aéroanaérobies : Pasteurellaceae
5. Coques et coccobacilles Gram - aérobies strictes de culture difficile
6. Bactéries Gram - microaérophiles
7. Comment choisir une galerie pour une bactérie gram négative ? EN TRAVAUX
Troisième partie :

ANAÉROBIES STRICTES
CHAMPIGNONS
BIBLIOGRAPHIE  EN TRAVAUX
COMPLÉMENTS  

Orientation de l'identification bactérienne

(cette approche est destinée aux enseignements des techniciens de laboratoires… et peut difficilement prétendre être exhaustive !)

1. Culture uniquement en ANAÉROBIOSE :

2. Culture uniquement en MICROAÉROPHILIE 

 3. Culture AÉROBIE et facile

4. Culture AÉROBIE et difficile 

orientation Anaérobies strictes:

Voir : Anaérobies strictes

L'orientation vers une souche microaérophile impose évidemment d'avoir réalisé l'isolement dans cette atmosphère particulière.

Voir : Bactéries Gram - microaérophiles

La bactérie est isolée sur un milieu dit "ordinaire" en aérobiose.

cliquer

La bactérie est isolée sur un milieu riche (gélose Chocolat enrichie, gélose au sang frais…) mais ne cultive pas ou très mal sur gélose dite ordinaire.

Si la bactérie est isolée sur milieu riche sans que l'on puisse savoir son comportement sur gélose ordinaire, l'orientation peut être faite tant avec le tableau Culture facile que difficile. On s'aidera du contexte et du but de l'opération.

cliquer

Remarques :

Il n'est pas possible d'isoler des anaérobies strictes sans avoir réalisé un isolement incubé en anaérobiose…

Le concept de culture facile/difficile est particulièrement flou. Dans chaque groupe microbien peuvent coexister des bactéries de culture facile et d'autres de culture difficile. C'est par exemple le cas des Mycobactéries…
Dans certains cas, comme pour les coques Gram +, les colonies sont petites, sinon très petites : on devrait les considérer de culture difficile. De plus, les tests enzymatiques d'orientation avec les enzymes liées à la vie aérobie sont quasiment impossibles à réaliser de façon fiable.

Pour nombre de bactéries, l'isolement n'est possible que sur un milieu spécifique : l'orientation ne sera possible qu'avec la connaissance de ce milieu. C'est le cas pour les mycobactéries tuberculeuses, pour les Legionella… Leur recherche est donc orientée.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3. Culture aérobie et facile

La bactérie est isolée sur un milieu dit "ordinaire" en aérobiose.

BACTÉRIE GRAM - BACTÉRIE GRAM +
Oxydase +
Catalase +
Oxydase -
Catalase -

4. Culture aérobie et difficile

La bactérie est isolée sur un milieu riche (gélose Chocolat enrichie, gélose au sang frais…) mais ne cultive pas ou très mal sur gélose dite ordinaire.
Si la bactérie est isolée sur milieu riche sans que l'on puisse savoir son comportement sur gélose ordinaire, l'orientation peut être faite tant avec le tableau Culture facile que difficile. On s'aidera du contexte et du but de l'opération.

BACTÉRIE GRAM - BACTÉRIE GRAM +
Oxydase +
Catalase +
    La plupart de ces bactéries sont de culture facile.
Oxydase -
  • bacille ou coccobacille
Catalase -

 

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vue d'ensemble du monde bactérien


Voici une vue d'ensemble du monde bactérien, forcément simplifiée et ne prenant en compte que les bactéries d'intérêt médical ou industriel.

Les critères adoptés sont :

  • la forme (coque ou bacille : les spirochètes sont laissés de côté)
  • la couleur au Gram
  • la culture en aérobiose (AÉRobie)
  • la culture en anaérobiose (ANAérobie)
  • la production de filaments
  • l'acidoacidorésistance dans la coloration de Kinyoun
  • l'utilisation du glucose
  • la culture sur "GO (gélose ordinaire)"
  • la présence d'une oxydase
  • la présence de la catalase
  • la production d'endospores
  • la présence d'une capsule
  • la mobilité

Version 1 en pourcentage de positivité

Version 2 en +, - , V

 

Utilisation des galeries API (et Id)


 CET ARTICLE EST EN COURS D'ÉCRITURE

si vous souhaitez participer ou faire des demandes particulières, Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.. Merci

Contrairement à l'apparence, toutes les galeries ne sont pas équivalentes :

  • pour la durée d'incubation : de quelques heures à 48 heures…
  • pour la méthode d'inoculation : utilisation d'un milieu spécial pour la galerie ou une partie de la galerie
  • pour la méthodologie depuis l'isolement : ensemencement à partir d'une colonie ou d'une culture en nappe
  • etc…

On ne peut donc se contenter de connaitre API20E et de croire que toutes les galeries sont identiques : IL FAUT LIRE LA NOTICE (EN PARTICULIER LE RÉSUMÉ DESSINÉ) AVANT D'INOCULER LA GALERIE.

LES TUBES

Le plastique est thermoformé avec création :

  • soit de tube (partiellement fermé) relié à une cupule exposée à l'air (API). Ils peuvent être inoculés avec la suspension dans la partie tube (anaérobie) ou complètement. De la vaseline stérile peut être ajoutée dans la cupule. Les dessins ci-dessous, montrent, en coupe, le remplissage :

     seul le tube est rempli
     tube et cupule sont remplis  tube seul rempli, cupule vaselinée
  • soit de simples cupules (Id)

LES MILIEUX UTILISÉS

Différents types de milieux sont utilisés permettant la réalisation de la suspension et la réhydratation des cupules :

  • de l'eau distillée stérile
  • de l'eau physiologique stérile (utile pour des bactéries halophiles)
  • un bouillon peptoné qui apportera donc des peptones dans la galerie inoculée
  • un bouillon peptoné riche et additionné d'un indicateur de pH
  • un milieu pour auxanogramme n'apportant que les facteurs de croissance nécessaires et des ions minéraux.

LA LECTURE

aucune cupule positive

Si aucune cupule n'est positive ce peut être :

  • par l'oubli de l'ajout des microorganismes dans la suspension, un chauffage excessif de cette suspension auprès d'un bec…
  • par l'absence de culture du microorganisme dans les cupules en raison de l'absence de facteurs de croissance indispensables. Des Haemophilus dans une API20E ne peuvent cultiver. Attention : la culture n'est pas toujours indispensable car les enzymes présentes peuvent être suffisantes à l'expression du caractère. Certaines galeries sont lisibles en quelques heures.

Si aucune culture n'est positive dans la partie auxanogramme (API20 NE) alors que l'on a des résultats positifs dans la première partie, ce peut être :

  • par une mauvaise inoculation du milieu pour auxanogramme (ne pas oublier de l'agiter sérieusement et comme il est semi-solide mieux vaut le faire à la pipette pasteur.
  • par le manque d'un (ou plusieurs) facteurs de croissance dans le milieu pour auxanogramme.

cas de LDC, ODC, ADH :

Si la vaseline n'a pas été ajoutée, le résultat est une alcalinisation systématique liée à l'utilisation respiratoire des peptones en aérobiose produisant de l'ammoniac (basique) et du dioxyde de carbone (acide) qui se dégage dans l'atmosphère. L'image ci-dessous illustre le prooblème.

Pour la lecture se pose un autre problème : une couleur rouge (basique) montre un caractère positif pour ADH et ODC mais pas pour LDC qui peut être, en 24 h, orange ou rouge. La documentation API n'est pas claire sur ce point.

Remarque : la cupule CIT de la première galerie est mal ensemencée.

cas du Citrate (de Simmons)

Une alcalinisation AÉROBIE traduit l'utilisation du citrate comme seule source de carbone et la prototrophie (absence du besoin en facteurs de croissance ou synthèse de tous les métabolites essentiels).

Gaz

La présence de gaz peut être lue dans les milieux pour glucides.
Attention : dans la cupule GLU (API20E), les nitrates présents inhibent la production de dihydrogène. La présence de bulles peut alors être liée à une respiration nitrates productrice de diazote.

Dans l'API20NE, le gaz de la cupule NO3 est du diazote signant donc la respiration nitrate.