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De l'incertitude du GPS

Voici l'image d'une balade en forêt en vélo :

Remarquer que le sentier puis la route ne sont pas suivis exactement par le gps de mon iphone.
Mais le plus curieux, ce sont les zigzags à gauche ! En effet, j'étais arrêté et répondais au téléphone.

J'en déduis qu'il faut être très méfiant quant aux informations fournies par ce gps et le logiciel utilisé !

Si vous avez des Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser., je les intègrerais…

 

 

 


Vu lors des fêtes d'Orléans au bord de la Loire des petites machine de démonstration de la fabrication d'huile par pression à froid…

Les graines utilisées sont de colza. Les petits serpents verts serviront probablement à l'alimentation animale.

Peut être utile pour les TP ?

Incertitudes…


Chacun sait, bien entendu, qu'une mesure n'est jamais exacte… et que les normes actuelles imposent, pour les analyses, d'associer la valeur indiquée à son incertitude (la valeur vraie étant comprise dans la fourchette avec une probabilité de 0,95 si j'ai bien compris !)

 

Un petit exemple d'outre-france ! :

Comme quoi les Chinois sont en avance ! au moins sur l'étiquetage.


 Meilleurs vœux pour 2012 !


"Le charme discret de l'intestin"

La lecture de ce "bestseller" de Giula ENDERS, médecin allemande, me laisse pantois.

Globalement, tous les poncifs rencontrés dans les propos sur l'alimentaire sont intégrés dans un texte écrit de façon très agréable et humoristique. Quant à y trouver trace d'un esprit scientifique… c'est un autre problème !

Voici quelques unes des interrogations que j'ai pu noter dans ma lecture. Les citations de l'ouvrage sont notées en rouge. J'espère vos réponses et contradictions !!!

Bien entendu, j'ai pu commettre comme tout un chacun des erreurs dans ma lecture et les interprétations faites, avec des oublis dans une lecture qui, pour un "scientifique" m'a fait dresser de rares cheveux sur la tête !

p 52

On lit "L'alcool peut en effet accélérer la prolifération des bactéries méthanigènes, car certaines en sont très friandes (c'est ce que nous indique aussi le goût alcoolisé des fruits qui ont fermenté sous l'action des bactéries)."

Pour que l'alcool favorise les archées méthanogènes du colon encore faut-il qu'il y arrive ! Or l'éthanol est absorbé de façon rapide par le tube digestif… et s'il en reste un peu il se mêle à celui que produisent d'autres bactéries… Quant à une action directe sur les méthanogènes de l'alcool…

Le rapport avec les fruits fermentés est fort mystérieux. Où est le méthane ?

Que des bactéries fermentent les sucres en éthanol est tout de même bien rare ! Les levures sont bien mieux connues pour cela !

"Et on ose encore dire que l'alcool est un désinfectant…" Un médecin peut tout de même savoir que l'effet désinfectant dépend de la concentration… et que des bactéries produisent notamment de l'éthanol dans leur processus fermentaire (toujours accompagné d'autres métabolites).

p 65

"nos excréments ont toujours exactement la même teneur en sel." Bizarre !!!

p 68

"c'est que le sucre en poudre ne demande pas de traitement enzymatique : quand il arrive dans l'intestin grêle, les fragments qui le composent sont déjà si petits qu'il peut être aussitôt assimilé dans le sang." Oublier le rôle de la saccharase et penser implicitement que le saccharose est un ose simple comme le glucose est grave !!!

"Quand il s'agit de pain complet, en revanche, la digestion est plus lente. Le pain complet renferme des glucides particulièrement complexes qui doivent être décomposés progressivement". Il serait évidemment très intéressant de savoir de quels glucides on parle !!! Est-ce l'amidon comme dans le pain blanc ? L'affirmation d'une digestion plus lente ne peut qu'être infondée, sachant qu'une partie ne sera digestible que par les microorganismes du colon !

p 72

"Pour que les graisses, nocives et dangereuses…" Où l'on affirme comme un postulat que les graisses sont dangereuses… sans argumentaire, puisque c'est avant tout l'excès qui est dangereux quand on analyse la ration alimentaire complète (glucides et lipides).

"huile d'olive vierge pressée à froid bonne huile… L'auteure oppose deux types d'huiles (en oubliant d'ailleurs le beurre) comme si la composition des différentes huiles n'avait pas quelques similitudes ! Bien sûr, certaines huiles sont plus riches en acides gras insaturés ou polyinsaturés, mais toutes contiennent de nombreux acides gras saturés… Et pourquoi centrer sur l'olive et non le colza, les pépins de raisin, …

Suivent tout un ensemble de troubles (artériosclérose, DMLA, certains cancers (lesquels ?), pathologies inflammatoires…) soignés par l'huile d'olive !

p 77

"Les acides aminés sont au nombre de 20 et les possibilités de les combiner pour former des protéines sont infinies. Entre beaucoup d'autres choses, c'est sur cette base que nous élaborons notre ADN…". On appréciera aisément l'inversion des rôles ! Une petit cours de biologie moléculaire serait très utile à l'auteure !

"…les plantes utilisent une quantité d'acides aminés si réduite qu'on qualifie leurs protéines d'incomplètes…". Le "on" a un vrai problème avec la biologie ! Il faut dire clairement que les protéines des plantes sont pauvres en lysine par rapport aux protéines animales, mais que TOUS les acides aminés sont présents dans les protéines végétales…

p 79

Allergies… L'auteure oublie que les allergènes ne sont pas que des protéines (ou des peptides)… et que les allergènes peuvent avoir de nombreuses voies d'entrée autres que digestives (appareil respiratoire, peau,…). Elle oublie aussi le rôle du système immunitaire : pourquoi certains sont allergiques à la cacahuète et non d'autres ? Des composantes génétiques montrant clairement qu'intervient une mauvaise combinaison de ces gènes conduisant à une allergie ennuyeuse pour l'individu, des réactions d'hypersensibilité pouvant être parfois utiles.

p 81

"dans l'intestin humain, le gluten peut passer par les cellules intestinales, parfois sans avoir été digéré puis desserrer de là les liens entre les différentes cellules." Dur dur !!! Seul le gluten ferait cela ? Comment peut-il ne pas avoir été digéré ? L'auteure n'affirme-t-elle pas de grosses imbécilités pour justifier la soi-disant intolérance au gluten à la mode ? Ne peut-elle pas indiquer à quoi est due la vraie intolérance ? (maladie cœliaque)

p 83-85

L'intolérance au lactose n'est pas clairement traitée : est-ce une non absorption du lactose qui ne fait que favoriser la multiplication intestinale de bactéries fermentant le lactose ? De plus, dire ensuite que consommer un peu de lait ne pose pas de problème particulier pour le lactose, c'est oublier les allergies possibles aux protéines du lait…

Quant à la malabsorption du fructose… concerne-t-elle d'autres individus que ceux atteints d'intolérance sévère au fructose ?

Ajoutons que l'origine principale du fructose ne semble pas connue de l'auteure qui n'a pas du comprendre que le saccharose est constitué de 50 % de fructose (et 50 % de glucose) !

p 86

"Les personnes qui souffrent d'une intolérance congénitale ont dans leurs cellules peu d'enzymes permettant l'assimilation du fructose". Il serait intéressant de dire lesquelles. N'ont-elles pas la capacité de phosphoryler le fructose en fructose-6-P pour entrer dans la glycolyse ?

p 87

Quelques élucubrations sur la liaison tryptophane-fructose qui conduit à un déficit en tryptophane d'où une sécrétion insuffisante de sérotonine, hormone du bonheur ! De la dépression ayant pour une de ses causes l'absorption trop grande de fructose !

p 89

Méconnaissance totale de l'intérêt des nitrites dans les viandes de porc…

Affirmation hasardeuse d'une corrélation entre un meilleur contrôle de la concentration en nitrites et la baisse du nombre de cancers de l'estomac…

p 95

Mélanger bilirubine jaune et le bleu liés aux coups mériterait quelques explications…

p 96

"…l'hémoglobine responsable de la couleur rouge du sang ne parvient plus jusque dans les selles." La vulgarisation a des limites à ne pas dépasser. Mieux vaut rien dire que d'affirmer ce genre d'idioties.

p 101

Titre du chapitre "le cerveau d'en bas"… Oulala !

p 114

Il serait intéressant de vérifier que le steak se balance pendant 6 heures dans l'estomac…

Apporter une dose de glucide avec de la mousse au chocolat c'est oublier la dose très grande de lipides du chocolat, du jaune d'œuf et la dose de protéines du jaune et blanc d'œuf !

p 117

Quelle est cette fée du logis qui "nettoie" l'estomac ??

p 123

"Le hic, c'est que dans cette zone de "haute pression" entre l'œsophage et l'estomac, deux systèmes nerveux différents doivent travailler main dans la main : le système nerveux couplé au cerveau et le système nerveux de l'appareil digestif."

C'est quoi le système nerveux de l'appareil digestif ? Le parasympathique, l'orthosympathique, les plexus ???

p 124

Dans le rôle de la cigarette sur les sécrétions gastriques, l'auteure oublie le rôle de la fumée ingérée et qui passe en partie dans l'estomac… Arrêter de fumer m'a permis de supprimer tous les médicaments antiacide !

p 124

"Si toutes ces substances influent sur nos nerfs,…" Cette vision du système nerveux paraît bien curieuse. Il y a des neurones et surtout des récepteurs…

p 125

L'auteure affirme une confusion possible par le système nerveux gastrique entre le glutamate ingéré et le glutamate neurotransmetteur. Surprenant !

p 127

Ou du rôle des acides biliaires qui transforment les cellules gastriques en cellules intestinales et les rendent parfois cancéreuses…

p 135

Toute une page sur la CRH (Corticotropin-releasing-factor). L'auteure affirme que cette hormone, normalement produit par des neurones hypothalamophysaire pour provoquer la sécrétion de ACTH par l'antéhypophyse est produite aussi par l'intestin.

Je n'ai pas trouvé de référence à cette affirmation surprenante. Une production intestinale aurait beaucoup de problème pour déclencher celle d'ACTH au niveau de l'hypophyse… (concentration trop faible) et le texte semble confondre CRH et les effets induits par l'ACTH, augmentation de la cortisolémie…

p 161

Le centre du problème : l'intestin deuxième cerveau…

"Il faut dire que les nerfs de l'intestin, comparés à ceux du reste du corps ont de quoi impressionner – tant par leur nombre que par leur singularité. L'intestin a à sa disposition toute une cohorte de messagers chimiques, de matériaux d'isolation cellulaire (sic) et de types de connexion. Il n'y a qu'un autre organe qui offre une telle diversité : le cerveau. Voilà pourquoi notre système nerveux entérique est aussi qualifié de "deuxième cerveau", parce qu'il est tout aussi étendu et présente la même complexité chimique. Mais si la mission de notre intestin n'était que de transporter les aliments et nous permettre de roter de temps en temps, un système nerveux si élaboré serait une sacré perte d'énergie"

Difficile de démêler un tel charabia !

Il manque évidemment la relation entre système nerveux central et système nerveux intestinal car il y a quand même des liaisons en particulier avec le nerf X !!!

Le terme de cerveau est utilisé sans vergogne, c'est à dire sans définir la nature du vocable !

Comment peut-on comparer un système hyperorganisé et de simples plexus liés au système nerveux central ?

Et le finalisme sous-jacent dans la perte d'énergie que pourrait représenter un tel système !!!

Pas un mot sur le rôle.

p 164

Le système nerveux intestinal transmet des signaux au cerveau : lesquels ? Aucune information sur ce "détail". Cela ne signifie pas qu'aucun message n'est transmis bien entendu. Pour ensuite faire une relation entre dépression et intestin…

p 166

Stimuler le nerf X pour lutter contre la dépression… Pas évident de comprendre la relation entre stimulation et son effet… Porte-t-elle sur un retour d'informations vers le cerveau ou du cerveau vers l'intestin ? Rien n'est clair et les affirmations douteuses.

p 168

Passons sur les effets de la consommation expérimentale de bactéries… Trop peu d'informations pour comprendre.

'l'intestin traite en interne, avec son propre cerveau, ce n'est pas pour rien qu'il en a un." Comprenne qui pourra !

p 180

Des digressions incompréhensibles sur le "moi" !

Comme si lecteur ne savait pas que le cerveau percevait bien des choses comme le chaud, le froid, les acidités gastriques, les ballonnements intestinaux, les compressions intestinales sur son cœur… On a l'impression que l'auteure déconnecte le cerveau des récepteurs sensoriels, dont une partie est intestinale. Et dans "Je ressens, de sorte que je pense, donc je suis" on atteint le niveau zéro de la pensée sans avoir défini ce que veux dire "je pense" ! Comme si les émotions n'existaient pas !

p 190

"Nous savons encore que les bactéries sont à l'origine de notre groupe sanguin…"

Tiens, il n'y a aucun gène qui détermine la présence des antigènes érythrocytaires ! Ni de système immunitaire qui élimine la production d'anticorps dirigés contre ces Ag !!! Que la production des anticorps dirigés contre les Ag absents puisse avoir pour origine des exoAg bactériens est un autre problème.

p 197-198

Associer diabète de type 1 et bactéries intestinales mériterait des arguments convaincants ! Et pourquoi parler de communication avec nos bactéries intestinales pour cela ?

"Les globules rouges, par exemple, présentent en surface des protéines qui ressemblent aux bactéries;" Lesquelles !!!! Tout ça pour dire, en cas de transfusion hétérologue, "Notre système immunitaire y verrait aussitôt des bactéries et, comme les bactéries n'ont rien à faire dans le sang, il se jetterait joyeusement sur les globules étrangers pour en faire de la chair à pâté."

L'affirmation d'une transfusion possible de n'importe quel sang à un nouveau-né me laisse sceptique.

p 208

Passons sur les bactéries qui éliminent l'oxygène et les électrons dans l'intestin… Il est vrai que les quelques aérobies consomment l'oxygène mais il n'e narrive que très peu depuis la bouche…

Que des bactéries possédant des gènes pour digérer le riz (je suppose l'amidon du riz) puissent avoir un rôle chez le bébé, j'imagine faire plus confiance aux amylases du bébé lui-même !!!

Quant à distinguer les alimentations des bébés africains et des européens sur les fibres et les végétaux…

p 210

"Sur la base des produits métabolisés par nos bactéries intestinales, on peut déjà, trois semaines à peine après notre naissance, prédire un éventuel risque accru d'allergies, d'asthme ou de dermatite atopique."

Très fort !!! Une telle affirmation ne peut résulter que d'un postulat.

p 220-221

Le microbiome…

150 fois plus de gènes que l'homme ! Et alors ??? Qu'est ce que cela prouve ?

Chez le nourrisson : plus de gènes actifs permettant de digérer le lait. Cela ne prouve rien ! Le microbiome s'adapte à ce qui arrive ! Et mieux vaut que le bébé digère le lait avant son arrivée dans le colon !

Chez le "gros" : plus de gènes bactériens pour la dégradation des glucides… Quels glucides ???? Je n'en vois qu'un dans le colon : la cellulose… Ne peut-on alors dire que la fermentation de la cellulose fournit des acides et alcools de fermentation absorbés par le colon ?

Chez le "vieux" : moins de gènes bactériens contre le stress !!!! De la rigolade !

p 224

Globalement, le microbiome est vu au travers de genres ou familles bactériennes.

Les caractéristiques d'un genre ou d'une famille semblent finies (tous pareils), du genre Bacteroides aime la viande.

Il me semble donc que la vision est fortement réductrice et ne tient pas compte des différences importantes qui peuvent être trouvées dans les différents individus d'une espèce donnée.

p 225

"Pour renforcer les défenses du maïs face aux nuisibles, on a en effet introduit des gènes qui lui permettent de fabriquer de l'avidine (qui capture la biotine)"

Information surprenante d'autant qu'on ne voit pas comment va agir l'avidine !!!

Je crains aussi que l'auteure mette dans les steaks de l'avidine… alors que cette protéine n'existe que chez les oiseaux dans ce que j'ai compris.

p 228

Bacteroides… "quand elles ont besoin d'un atome de carbone, hop, elles attrapent un de ceux qui se trouvent dans l'air de l'intestin; Ce n'est pas difficile : le carbone est l'un des déchets de notre métabolisme."

Il y a manifestement un gros problème dans la compréhension du métabolisme ! On pourrait croire les Bacteroides autotrophes ! Et parler de carbone sans en préciser la nature (dioxyde de carbone ?) n'est pas très sérieux.

p 231

Dracula… Et des bactéries qui, nous laisse-t-on supposer, fabriquent ou aident à fabriquer l'hème… Que de raccourcis et d'arguments ésotériques !!!

p 236

Où l'on trouve le yaourt comme produit délactosé ce qui est profondément FAUX (il en reste 90 %).

Et plus sucré que le lait parce que les bactéries ont mangé le sucre !!!

Et le fait que le yaourt est précipité ce qui nous évite de la faire ! Comme si l'acidité gastrique ne suffirait pas !

Et l'acide lactique D ou L qui fait qu'il vaut mieux choisir des yaourts aux Bifidobactéries (qui ne sont pas des yaourts et ne contiennent pas beaucoup de ces Bifidobacterium…). Rigolo !!!

p 238

Les bactéries qui fabriquent des vitamines dans la choucroute : et les levures ??

p 240

"les bactéries légumivores fabriquent plutôt des acides gras pour l'intestin et le foie, d'autres produisent des acides gras qui peuvent nourrir le reste du corps"

N'est-ce pas drôle en absence de toute autre indication ?

p 244

"Les bactéries nous récompensent"… en produisant tryptophane et tyrosine pour notre sérotonine et dopamine !

Amusant.

p 250

des gènes BSH… belle boite noire !

Sans oublier le cholestérol dans le membrane bactérienne…

Et la lutte des bactéries contre la bile qui, comme chacun sait, ne permet pas la culture des Gram -… Ceci dit, la flore Gram + résiste bien à la bile dans le colon ! Effet de concentration ? Flore anaérobie stricte moins sensible à la bile, comme l'est, d'ailleurs, Enterococcus ?

p 262

Les digressions sur Helicobacter laissent un sérieux malaise.

p 269

La connaissance sur Toxoplasma, transmis non seulement par les oocystes des chats mais aussi par la viande mal cuite contenant des kystes est manifestement bien légère !!

De même sur la physiopathologie d'une maladie souvent passant inaperçue et parfois très symptomatique mais guérissant rapidement chez l'homme.

Quant au rôle de l'IDO, il laisse aussi un profond malaise.

p 281

Même problèmes pour les oxyures ! Et oui, la femelle meurt en libérant ses œufs et ne remonte donc pas dans l'intestin !

p 291

"Il y a trente ans, une personne sur 10 était allergique à quelque chose – aujourd'hui c'est une sur trois"

Encore une affirmation qui avance des nombres sans un regard critique ! N'y-a-t-il pas de sérieux biais dans ces statistiques ? Ils sont peut être vrais mais méritent tout de même un peu de prudence dans leur utilisation.

p 299

"les antibiotiques "rendent les bactéries stériles". Amusant

p 306

"Les plantes fabriquent des antibiotiques… ". Lesquels !!!!

que l'on peut acheter en pharmacie !!!! huile de moutarde ou de raifort, extraits de camomille et de sauge… Cela laisse bien songeur !!!

p 309

Les probiotiques sont bien entendu encensés…

Mais le fait que leur consommation est très ancienne ne prouve en aucun cas qu'ils sont utiles !

Quand on pense yaourt (où l'auteure oublie les Streptococcus…), la fonction première et indiscutable de la présence des deux genres bactériens est la conservation du lait pas le bénéfice éventuel d'avaler des bactéries vivantes. Il en est de même pour la choucroute, le fromage, le saucisson, etc…

Beaucoup de choses dites sur l'intérêt des probiotiques concerne plutôt l'intérêt d'une flore commensale : occupation du terrain, affamer les intrus…)

Bien sûr, je n'affirme en aucun cas que les probiotiques sont inutiles. Mais il faut des études indépendantes pour le prouver.

p 315

Les probiotiques peuvent fabriquer de petites doses d'antibiotiques et d'anticorps (sic)…

p 320

Apparaît évidemment Saccharomyces boulardii (Ultralevure®…) dont le nom n'existe que pour le laboratoire pourtant, puisqu'il s'agit d'une souche de S. cerevisiae ! Pourtant son intérêt probiotique ne peut guère être évident puisqu'il ne s'implante pas (on ne le trouve pas dans les frottis de selles, ni en culture). De plus, on pourrait craindre qu'il ne fasse une bonne fermentation éthanolique pour le consommateur !

p 325

Des bactéries qui produisent du phénol !!!

Sans oublier qu'associer indole et bactérie pathogène est très amusant pour notre bon E. coli !

Quant à la production d'ammoniaque (ammoniac) où est le problème ? N'y en a-t-il pas dans l'urine (sous forme d'ammonium) : pourquoi alors faire peur en évoquant les pictogrammes, anciens, de sécurité chimique ?

p 329

Des prébiotiques concentrés pour aider le foie à lutter contre des toxines bactériennes non identifiées… Encore des affirmations sans argumentaire. Ne parlons pas en plus des "toxines carnées" !

p 331

"Ce qui est sucré n'est pas forcément mauvais : le problème, c'est plutôt que nous ne consommons que la version qui nuit à notre santé". Le saccharose n'est toujours pas nommé. En quoi, hors la dose, le saccharose est-il mauvais ? Quel est le glucide bon : on ne le dit surtout pas !!! Et comment le produire… Dit autrement, le saccharose n'est-il pas notre principal sucre (l'amidon n'en étant pas un) simplement parce que sa production est simple ?

 

 

On comprendra facilement, au vu de ces quelques remarques, le sens de mes propos préliminaires.

Le propos du livre surfe sur la vague de l'incompréhension du grand public et de nombreux scientifiques face à l'alimentation. Le commerce de produits phytothérapiques, de principes alimentaires quasi-religieux… polluent le débat.

Il serait évidemment très simple de dire que tout est faux dans le livre mais ce ne serait pas juste. L'importance du microbiote n'est pas une découverte récente mais subit des développements importants et conduit à des thérapeutiques qui semblent efficaces comme la transplantation de flore fécale, pour les colites à Clostridium difficile par exemple. Le système immunitaire intestinal prend une place essentielle depuis que l'on se rend compte de son développement important. Les effets des dysfonctionnements de l'intestin sur le comportement de l'individu, liés probablement parfois à sa flore, ne sont plus niés.

Mais il n'empêche qu'il faudrait un peu de sérieux dans les conseils alimentaires ! Trop manger fait grossir ! Trop manger d'une seul catégorie d'aliment ce n'est pas bon car sans variations des apports on peut avoir des carences… Trop manger de sucre nuit à la santé par leur transformation en lipides dans l'organisme et les caries dentaires ! Trop manger de lipides améliore aussi leur stockage disgracieux !

Quant à invoquer l'intestin comme deuxième cerveau, l'escroquerie intellectuelle dépasse l'entendement : le cerveau sert aussi à penser ! Où est la contribution de l'intestin à cette fonction essentielle de l'Homme ? On ne peut tout de même pas se contenter de "ça me tord les boyaux" pour expliquer la pensée intestinale !!! Un jour, n'apprendra-t-on pas qu'il y a aussi un cerveau sexuel ? D'ailleurs, les hommes ne pensent-ils pas avant tout avec leur pénis ?

Il me semble donc qu'une lecture très critique doit être faite de l'ouvrage avec la fâcheuse impression qu'elle ne servira pas à grand chose, dans un monde de croyances…

Une surprise sur Chapman

À l'occasion d'un TP sur Cryptococcus neoformans, nous avons eu la malchance d'avoir une souche contaminée par un Bacillus.
Un isolement était prévu du mélange Staphylococcus etCryptococcus neoformans sur Chapman et GO.

Le lendemain, voici la gélose obtenue :

Vu l'aspect des colonies, il nous semblait évidemment que nous avions retrouvé nos Cryptococcus neoformans ! La mucosité était très trompeuse…

Malheureusement, le gram sur les petites comme les grosses colonies révèle des Bacillus

Autre fait troublant : sur gélose ordinaire, le Bacillus apparait hypersporulé, et sur Chapman ne présente aucune spore (dans les mêmes délais)